Его первый роман «I Owe for the Flesh» (Плотью обязан) побеждает на конкурсе НФ произведений, объявленном чикагским издательством «Shasta Press» (Шаста Пресс), основанным Мелвином Коршаком (Melvin Korshak). Но писатель не только не дождался заслуженной премии в 4 000 долларов, но и не увидел напечатанным свое произведение. Издательство обанкротилось и кануло в небытие. Рукопись романа была утеряна. Позднее переделанные части романа были опубликованы в виде рассказов. На их основе и была позднее написана первая книга «Riverworld» (Мира Реки). Другой его роман «Звери лесные», подготовленный для журнала «Потрясающие истории» (Startling Stories), так и не появился на страницах издания, хотя уже был объявлен в одном из номеров. Журнал прекращает свое существование и читатель увидел роман о любви героя к женщине-кентавру лишь через десять лет, в значительно переработанном виде под названием «Дэйр» (1965).
Не оправдались надежды писателя на книжную публикацию романов «Любовники» и «В день по женщине». Последняя вышла лишь в 1960 году под названием «День, когда остановилось время». И уж последним ударом была отвергнутая повесть «Белая богиня». Опять таки она вышла позднее и под другим заголовком «Плоть» (1960, переработана и дополнена в 1968 году). В романе наш современник попадает в будущее, где царствует матриархат и немедленно превращается в сексуального мессию.
Единственным утешением и реальным результатом его труда за первые семь лет профессионального творчества была публикация романа «Одиссея Грина» в 1957 году в престижном издательстве «Ballantine».
Из-за тяжелого материального положения, Фармер непрерывно скитается по США. Сначала он возвращается на завод, в 1956 году покидает Пеорию и в течение 14 лет живет во многих городах, работая все это время в рекламно-редакционных отделах различных фирм техническим редактором. В 60-е годы сотрудничал с журналом «Плейбой». Лишь в 1969 году, имея на своем счету 12 романов и 3 сборника рассказов, он вновь уходит в профессионалы. 
«Если бы начать все сначала, я бы приложил гораздо больше усилий, чтобы получить докторскую степень по антропологии. Я бы с удовольствием стал археологом… У меня природная склонность к антропологии, я читаю массу книг по этому предмету». 
Тем не менее за эти годы Фармер создал целый ряд неплохих произведений. Это, прежде всего, серия новелл и роман об отце Кармоди, опубликованных в «Журнале фэнтези и научной фантастики». Все эти истории были собраны в сборнике «Father to the Stars» (Отче для звезд, 1981). Основная тема рассказов — теологичесике беседы о странностях разных религий многочисленных планет Вселенной.
В середине 60-х Фармер начинает публиковать романы, которые в последующем составили два многотомных цикла. Первая из них — «Многоярусный мир» состоит из семи романов, рассказывающих о комбинации «карманных» вселенных, параллельных миров, в которые играют их неведомые создатели. А главное действующее лицо серии — настоящий землянин Пол Джаунс Финнеган (Paul Janus Finnegan), инициалы которого поразительно совпадают с инициалами самого Фармера — PJF. 
Но более известен его цикл «Мир Реки» в котором автор нарисовал мир, представляющий собой удивительную страну (райский сад) раскинувшуюся на берегах бесконечной, на тысячу миль, реки, населен… воскресшими всеми людьми, когда-то жившими на Земле. Оказывается, такой фантастический эксперимент затеяли неведомые инопланетные «боги», сверхцивилизация Этики. Но с какой целью?.. Вот этим и задались целью узнать некоторые из обитателей Мира Реки — археолог и путешественник сэр Ричард Бертон (Sir Richard Burton, 1821-1890), Сэмюэл Клеменс (Samuel Clemens), более известный нам под именем Марк Твен (Mark Twain), Джек Лондон (Jack London), Сирано де Бержерак и др. 
Первый роман цикла «В тела свои разрушенные вернитесь» в 1972 году получил премию «Хьюго». Последний на сегодняшний день, примыкающий к циклу, роман «Река Вечности», является случайно обнаруженной переделкой раннего произведения Фармера «I Owe for the Flesh» (Я задолжал за тело). 
Остается добавить, что на волне популярности этой серии, под редакцией Филипа Фармера было выпущено две антологии «Вселенная Мира Реки: Истории Мира Реки» (1992) и «Поиски Мира Реки», вобравшие в себя рассказы различных авторов, предложивших свое видение Мира Реки. 
На волне открывшихся в 60-х в США молодежных течений и моральных свобод, как то наркотики, хиппи, секс и др., издательство «Essex House», специализирующееся на порнографических романах, заказало писателю три фэнтезийных порнографических романа. Так родилась трилогия «Экзорцизм» навеянная классическими готическими романами. Издательство выпустило две первых книги «Образ зверя» (1968) и «Взрыв, или Записки на развалинах моего сознания» (1969), а третий роман «Предатель всего сущего» вышел в 1973 году в другом издательстве. Закончилось же сотрудничество Филипа Фармера с «Essex House» романом «Пир потаенный: IX том мемуаров лорда Грандрита» (1969), который стал основой новой трилогии — «Лорд Грандрит и Док Калибан», включающей в себя кроме вышеуказанной книги, «Повелитель деревьев» и «Сумасшедший гоблин» (обе 1970). 
«Пир потаенный» — блестящее исследование садомазохистских фантазий большинства героев известных фантастических сериалов. Особенно ярко просматривается сатира на книги Эдгара Райса Берроуза (Edgar Rice Burroughs) о Тарзане (лорде Грейстоке) и Лестера Дента (Lester Dent) с его суперменом Доком Сэвиджем. Основа сюжета всех книги — непрекращающаяся борьба лорда Грандрита и Дока Калибана против Девяти — таинственного и крайне опасного общества бессмертных. 
Серия «Лорд Грандрит и Док Калибан» послужила стартом для целой когорты романов, герои которых позаимствованы у таких знаменитых писателей, как Берроуз, Хаггард, Мелвилл, Верн, Конан Дойл, Воннегут и др. Сюда входят такие произведения, как трилогия «Древняя Африка»: «Тарзан жив: «Подлинная биография лорда Грейстока» (1972), «Хадон из древнего Опара» (1974), «Полет в Опар» (1976); а также «Тарзан жив: экслюзивное интервью с лордом Грейстоком» (1972), «Неопределенная жизнь и тяжелые времена Килгура Траута (1973), «Док Сэвидж: его апокалиптическая жизнь» (1973), «Другой курс Филеаса Фогга» (1973), «Отрывки из мемуаров лорда Грейстока» (1974), «После падения Кинг Конга» (1974), «Приключения пэра без пэрства, сочинение доктора Джона Ватсона, доктора медицины» (1974), «Венера на половинке раковины» (1975 — под именем «Килгор Траут»), «Железный замок» (1976) и «Док Сэвидж: Побег от Локи: Первое приколючение Дока Сэвиджа» (1991). 
Еще одной известной трилогии Фармера «Мир одного дня» положил начало известный рассказ автора «Наперекор вторниковому миру» (1971), в котором общество поделено на семь категорий — по одной на каждый день недели. Это было обусловлено перенаселенностью планеты и последовавшей за этим демографической катастрофой. С того момента каждый человек был «прикрепелен» к своему дню недели, в остальные же помимо своей воли впадал в вынужденную спячку (анабиоз). Последовашие за этим три романа основательно развили оригинальную тему рассказа.